در زوتوپیا ۲، دو همکار پلیس — Judy Hopps و Nick Wilde — وقتی یک ساکن مرموز و جدید به نام Gary De’Snake وارد شهر میشود، ردپای یک پرونده پیچیده را دنبال میکنند. این پرونده باعث آشفتگی در زوتوپیا میشود و جودی و نیک مجبور میشوند به بخشهای ناشناخته و خطرناک شهر بروند. در این مسیر اعتماد و دوستیشان به چالش کشیده میشود، و آنها باید با ذکاوت و شجاعت، راز پشت این ماجرا را کشف کنند.
جودی و نیک برای کشف هویت موجود مرموزی به نام گَری دنبال پروندهای میافتند که زوتوپیا را دچار آشفتگی کرده — آنها وارد مناطق ناشناخته شهر میشوند تا معما را حل کنند.