در فیلم سونیک خارپشت 3، پس از پنجاه سال زندان، خارپشت مرموز «شادو» از اسارت فرار میکند و به سراسر جهان آشوب میآفریند. در همین حال، سونیک، نیکلز و تِیلز متحد میشوند تا جلوی شادو را بگیرند و دریابند که همکاری شادو با دکتر رباتنیک و پدربزرگ او، جرالد رباتنیک، نقشهای بزرگتر از آنچه انتظار میرفت در سر دارد. در این مسیر، قهرمانان باید انتخابهایی سخت بکنند، متحدان جدید پیدا کنند و در نبردی سر...
شادو، خارپشت قدرتمند، پس از فرار از زندان به نابودی ویرانی متوسل میشود و قصد دارد نقشهای بزرگ را پیش ببرد.
سونیک، تِیلز و نیکلز باید به مقابله با او بروند و حقیقت پشت همکاری او با رباتنیک را آشکار کنند.